除菌フィルター使用する前に、滅菌処理（オンラインまたはオフライン蒸気滅菌、放射線滅菌など）を行う必要があります。オンライン蒸気滅菌の設計と操作過程は、フィルタコアが耐えられる高圧差と温度を重点的に考慮しなければならない。滅菌開始前にフィルター及び配管設備からシステム内の非凝縮ガスと凝縮水を排出しなければならない。滅菌中、ろ過システム内部の冷点は設定された滅菌温度に達するべきである。全滅菌過程において、フィルタエレメントの上下流の差圧は、フィルタエレメントが特定の温度で耐えることができる大きな差圧を超えてはならない。滅菌が完了したら、清浄な空気または他の適切なガスを導入してシステムを冷却することができます。温度を下げる時は、システムの無菌状態を維持するために一定の順方向圧力を維持しなければならない。
滅菌器を用いて滅菌する場合、通常は脈動真空滅菌方法を採用する。滅菌過程はフィルターが蒸気で透過されることを保証し、それによってフィルターを*滅菌するべきである。フィルタカートリッジにステンレス鋼スリーブを加えても、カプセルフィルタの形式を採用しても、フィルタの入口端と出口端は蒸気を透過することができるべきである。フィルターメーカーが提供する滅菌パラメータを参照して滅菌しなければならない。温度が高すぎると、フィルタ上の高分子ポリマーの材質特性が不安定になり、フィルタの物理的完全性に影響を与えたり、抽出可能なレベルが高くなったりする可能性があります。
除菌ろ過にはフィルター、使い捨て袋、ホースなどの装置が使用される可能性があり、これらの物品は放射線滅菌で滅菌することができる。放射線滅菌されたフィルター、袋、ホースなどは、累積線量効果のため、通常は複数回滅菌されるべきではない。さらに蒸気滅菌を加えると、除菌フィルターの照射と蒸気反復滅菌を検証しない限り、抽出可能レベルが増加する可能性がある。
缶体呼吸器はオンライン蒸気で滅菌する場合、蒸気を直接缶体に導入し、呼吸器フィルタコアの下流からフィルタコアを通過し、上流から排出する逆蒸気方式を採用することができる。しかし、フィルタエレメント滅菌時の逆圧差を制御すべきである。この差圧は、フィルタコアが差圧に耐えられる範囲内に維持されなければならない。逆滅菌の場合は、カード入力式インタフェース付きフィルターを使用することを推奨し、直挿式フィルターを使用することは推奨しない。