1、気化過酸化水素滅菌法は各国の薬局方、GMP、消毒滅菌技術規範が推薦する方法は、滅菌技術の重複性が良く、生物指示剤で検証することができる。
2、安全性が高い：この方法の滅菌過程は常温、常圧下で運行し、凍結乾燥機の乾燥箱、冷ヒドラジンはD類圧力容器に従って設計する必要はない。
3、運行費用が低い：この方法の滅菌サイクルあたりの過酸化水素水の消費量は極めて少なく、15 m凍結乾燥機を例に、各運行コストの気化過酸化水素方式は純蒸気方式の10%である。
4、セット費用が低い：気化過酸化水素滅菌を用いた凍結乾燥機の初装費用は蒸気滅菌凍結乾燥機より低い。可動式VHP発生器を採用すれば、複数台の凍結乾燥機をセットにして滅菌することができ、設備費用は倍に下がる。純蒸気システムの長期配置は必要なく、純蒸気の長期供給は必要ない。
5、滅菌周期が短い：純蒸気滅菌周期が8-10 hrで、エポキシエチレン滅菌周期が12-18時間であれば、気化過酸化水素水滅菌周期は5-8 hrしかない。
6、無害無汚染：気化過酸化水素滅菌の最終残留物は水と酸素であり、グリオキサイドなどの毒性と発癌作用がないため、環境、操作者に無害である。
7、設備に損害がない：蒸気滅菌により滅菌チャンバ内に大きな差圧変化があり、常に圧力を受けた真空状態にあり、湿熱ガスは凍結乾燥機チャンバ内表面ステンレス鋼の不動態化膜を破壊しやすく、設備寿命を短縮する。気化過酸化水素滅菌は圧力、温度条件の改善により、凍結乾燥機の運転寿命とメンテナンス周期を延長する。
8、気化過酸化水素滅菌はすべての滅菌表面が乾燥しなければならず、各領域の温度は均衡を維持することを要求する。そうしないと、滅菌効果キャビティ内の微小な水滴や氷かすに大きな差が出る。