ろ過プロセス設計時には、ろ過すべき媒体の属性及びプロセス目的に応じて、適切なフィルタを選択し、プロセスパラメータを決定しなければならない。
除菌ろ過プロセスは、プロセスの目的に応じて、0.22ミクロン（より小さい孔径または同じろ過効果）の除菌グレードフィルターを選択しなければならない。0.1マイクロメートルの除菌グレードフィルタは、通常、マイコプラズマの除去に用いられる。
無菌薬品生産の全過程に対して微生物制御を行い、微生物汚染を避ける。最終的に除菌濾過する前に、濾過されるべき媒体の微生物汚染レベルは一般的に10 cfu/100 ml以下である。
フィルタ材質を選択する際には、フィルタ対象媒体との互換性を十分に検討する必要があります。フィルターは製品と反応したり、物質を放出したり、吸着作用を起こしたりして製品の品質に不利な影響を与えてはならない。除菌フィルターは繊維が外れてはならず、アスベストを含むフィルターの使用は厳禁です。
合理的なろ過膜面積は科学的な方法で評価して得なければならない。面積が大きすぎると製品収率が低下し、ろ過コストが上昇する可能性がある、濾過面積が小さすぎると、濾過時間が長くなり、途中で詰まったり、製品が廃棄されたりする可能性があります。
フィルタリングシステム構造の合理性に注意し、衛生上の死角が存在しないようにしなければならない。フィルターの出入り口には一定の限流作用がある。プロセスの必要に応じて、適切な輸出入の大きさを選択しなければならない。
フィルタを選択する際、実際のプロセス要求に基づいて、フィルタ温度範囲、最長フィルタ時間、フィルタ流速、滅菌条件、輸出入差圧範囲またはフィルタ流速範囲などのプロセスパラメータを確定し、これらのパラメータが許容範囲内にあるかどうかを確認しなければならない。
薬品生産企業は除菌フィルターのサプライヤーを選択する際、サプライヤーが提供する検証書類と品質証明書を審査し、選択したフィルターが除菌級フィルターであることを確保しなければならない。薬品生産企業は、文書監査や工場現場監査、品質協定、製品変更制御協定の締結など、除菌フィルターメーカーをサプライヤーとして管理しなければならない。